Le lac de Chalain est le plus grand lac naturel du Jura. Au bord du lac, les vestiges de villages avec maisons sur pilotis datant de 3000 ans avant notre ère se sont remarquablement conservés sous le niveau de l'eau. Après 30 années d'étude de la cité lacustre, le site constitue une des sources documentaires les plus extraordinaires pour la connaissance de la vie quotidienne des hommes et femmes au Néolithique. Le site de recherche ne se visite pas Au-delà de ce passé exceptionnel, le lac de Chalain est aujourd'hui un paradis pour les vacanciers et sportifs. De nombreuses activités sont possibles sur le lac, au milieu des eaux turquoises que l*on peut admirer depuis le belvédère de Fontenu.
Les rives des lacs de Chalain et de Clairvaux présentent les plus fortes densités de sites d'habitat du Néolithique et de l'Age du Bronze pour l'Europe occidentale. Conservés sous le niveau de l'eau, ces vestiges d'anciens villages ne peuvent être dégagés et laissés à l'air libre : ils se dégraderaient en quelques jours à peine. On ne peut donc rien voir sur le terrain, si ce n'est des formations végétales fragiles que les piétinements du public feraient disparaître.
En 2000, une évaluation archéologique a permis de montrer que la rive occidentale du lac de Chalain présentait une exceptionnelle concentration de sites d'habitats datant du Néolithique à l'Age du Bronze. Ainsi, près de trente sites ont été reconnus : par convention, les archéologues les ont nommés avec des chiffres arabes (Chalain 1, Chalain 2, etc..),
La stabilité du milieu humide a favorisé la longue conservation de vestiges néolithiques exceptionnels à Chalain et à Clairvaux. Mais depuis 1904, date de l'abaissement artificiel du niveau du lac de Chalain, cette stabilité a été rompue.
Des formes nouvelles d'agression du milieu se sont multipliées et tous les habitats stratifiés sont menacés de disparition à plus ou moins long terme. Se pose donc la question du devenir de ces zones archéologiques, longtemps entre les mains des collectionneurs et aujourd'hui directement sous l'influence d'une pression touristique estivale particulièrement forte.